淮安市生态环境局位于健康西路77号，最早可追溯到1974年成立的“清江市三废治理小组”，挂靠于清江市革委会生产指挥组。
　　1977年底，更名为清江市环境保护办公室；1982年，成立清江市环境保护局；1984年7月，成立淮阴市环境保护局；2001年2月，更名为淮安市环境保护局；2019年1月23日挂牌成立淮安市生态环境局。
　　新设机构整合了原市环境保护局职责，市发展和改革委员会应对气候变化和减排职责，市国土资源局监督防止地下水污染职责，市水利局的编制水功能区划、排污口设置管理和流域水环境保护职责，以及市农业农村局监督指导农业面源污染治理等相关职责。现有内设处室13个、直属单位5个及派出行政机构8个，行政编制42名。