截至目前，已完成全市生物多样性本底调查工作，累计记录各类生物2648种，占大运河沿线物种总数的55.73%，国家重点保护物种72种，《中国物种红色名录》及IUCN收录的濒危物种达89种，包括国家一级保护物种东方白鹳、青头潜鸭等，国家二级保护物种野大豆、粗梗水蕨、乌龟、震旦鸦雀、鸳鸯、中国淡水蛏等。此外还有列入《江苏省生态环境质量指示物种清单》的玉带凤蝶、镇海林蛙、亚洲狗獾、小天鹅、画眉等75种生态环境指示物种。在2022年1月白马湖调查中，发现青头潜鸭125只，远超省内其他地区青头潜鸭单次记录，“2022年青头潜鸭越冬期全国同步调查”将白马湖收录为青头潜鸭在江苏的新分布地点。